兩稅合一後，認定公司在法律上不具有獨立納稅的能力，應納稅者為經營公司並取得實際盈餘分配的股東[1]。如此一來，對公司課徵的營利事業所得稅，便成為一種重複課稅：
為了維持傳統上課徵綜合所得稅及營利事業所得稅的制度，但實際上又要避免上述重複課稅的狀況，使納稅義務人實際負擔的是綜合所得稅。以此精神所衍生而來的制度，便是可扣抵稅額比率(又稱為稅額扣抵率)。
既然實際要課徵的是綜合所得稅，企業盈餘分配給股東之前被課徵的營利事業所得稅，就必須在個人的綜合所得稅中，依照個人報稅的實際稅率，進行「多退少補」。對公司所課徵的營利事業所得稅變成類似預繳薪資所得稅的預扣性質，而於報繳綜合所得稅時依照實際的個人所得稅率進行調整：
若個人的綜合所得稅率低於公司預繳給政府的營利事業所得稅率，便將差額退還給個人(退稅)；反之則個人必須補繳其差額(補稅)。
也因為如此，公司分配給股東的股利，因已被課徵過營利事業所得稅，故附帶有一個隱含的「可扣抵稅額」，相當於已被政府所課徵之營所稅額。個人報稅時則先將分配之股利還原為稅前獲利，即合併股利以及已繳交之營所稅：
以聚陽實業為例，民國95年每股分配3.74元現金股利，即每千股可分配現金3740元。由於95年分配的是94年之獲利，經查詢聚陽94年底之財報，當時公司預估之可扣抵稅額比率為33.54%，即每千股之可扣抵稅額為：
3740元×33.54% = 1254元
(為了方便計算，小數點後四捨五入，以下皆同)
合併現金股利與可扣抵稅額，我們可得到聚陽該年度的稅前獲利為每股4.994元，即每千股4994元。報稅時依照目前的個人綜合稅制，稅率可分為6%、13%、21%、30%以及40%五個級距，各個級距應繳交之稅款分別是：
4994元×6% = 300元 (退稅954元)
4994元×13% = 649元 (退稅605元)
4994元×21% = 1049元 (退稅205元)
4994元×30% = 1498元 (補稅244元)
4994元×40% = 1998元 (補稅744元)
由於政府已向公司預扣1254元的稅款，依據前述多退少補的原則，各級距的投資人應退補的稅款分別如上面括號中所示。投資人的實際獲利也依照實際稅率退補稅的影響而有所不同：
6%：3740+954 = 4694元 (每股獲利4.694元)
13%：3740+605= 4345元 (每股獲利4.345元)
21%：3740+205= 3945元 (每股獲利3.945元)
30%：3740-244= 3496元 (每股獲利3.496元)
40%：3740-744= 2996元 (每股獲利2.996元)
可將公司配發的股利、還原後的稅前獲利(股利+可扣抵稅額)與各稅率級距投資人實際可獲得的每股股利，描繪如下圖。扣稅後，最高與最低級距稅率的投資人，實際獲得的每股獲利將相差1.7元之多。因此，投資人應衡量自己的綜合所得稅率，決定是否參加股利分配。
由於「稅率」的概念為百分比，與分配的股利金額無關，因此可以將可扣抵稅額比率轉換為實際的扣稅率，即：
(公司已繳交之)營利事業所得稅率 = 可扣抵稅額比率 / (1+可扣抵稅額比率)
以前述聚陽實業為例，其實質營利事業所得稅率為
33.54% / (1+33.54%) = 25.12%
也就是說，個人綜合所得稅率比25.12%低的可以退稅，比較高的必須補稅。退補稅的比率則為綜所稅率與25.12%的差額。
公司每年的年報均會公布該年度「預估」的可扣抵稅額比率。預估值與實際值通常差異不大，可比較連續幾年的預估值與實際值之差異，做為是否參加股利分配的參考。
[1] 財政部台灣省南區國稅局, "兩稅合一簡介"